Peu après son mariage, elle se convertit au catholicisme. Emprisonnée, puis relâchée deux ans plus tard, elle abrite des prêtres chez elle. Arrêtée de nouveau, elle est condamnée à mort et exécutée quelques jours après.
Elle fait partie des Quarante martyrs d'Angleterre et du Pays de Galles qui ont été canonisés en 1970.
25 mars au martyrologe romain: À York en Angleterre, l'an 1586, sainte Marguerite Clitherow, martyre. Avec l'accord de son mari, demeuré protestant, elle adhéra à la foi catholique, dans laquelle elle éleva aussi ses enfants, et veilla à cacher chez elle les prêtres recherchés. Emprisonnée plusieurs fois pour cela sous la reine Élisabeth Ière, elle refusa de plaider sa cause, pour éviter que ses amis, ses domestiques et ses propres enfants ne soient contraints à témoigner contre elle. Cela lui valut la peine forte et dure d'être écrasée par un poids lourd jusqu'à ce que mort s'en suive.
Martyrologe romain